Het IKV ontstaat in 1966 op initiatief van de toenmalige Nederlands Hervormde Kerk en Pax Christi. De nieuwe organisatie moet politieke oplossingen voor crisis- en oorlogssituaties bevorderen. In de jaren zeventig speelt ze al een belangrijke rol in de bewustwording over vredesvraagstukken in de Nederlandse samenleving, met name in de kerken. Tien jaar later staat het IKV aan het roer van het Komité Kruisraketten Nee. Deze megacoalitie van vredesorganisaties (inclusief Pax Christi), politieke partijen en de vakcentrale FNV weet in de tachtiger jaren grote delen van de samenleving te mobiliseren tegen nucleaire bewapening. Daarnaast werkt het IKV aan een netwerk van contacten met dissidente bewegingen in Midden- en Oost-Europa, die pleitten voor politieke ontspanning in Europa van onderop.

In de jaren negentig zet het IKV zich tijdens de eerste Golfoorlog, en de daardoor oplopende spanning tussen de Europese en Arabische wereld, in voor een Euro-Arabische dialoog. Daaraan nemen allerlei maatschappelijke organisaties uit beide regio's deel. 

 
Na het uitbreken van de oorlog in het voormalige Joegoslavië raakt het IKV intensief betrokken bij het opbouwen van solidariteitsbanden met gemeenschappen in de Balkan, niet in de laatste plaats met de overlevenden uit Srebrenica. Bovendien ontwikkelt de organisatie vredesprogramma's in de Kaukasus en werkt ze mee aan vredesinitiatieven in Kasjmir en de Molukken.